将装好育苗基质的育苗盘每个穴轻按一个0.5cm左右的小坑，将干籽或催芽的籽放入坑中，大粒种子须平放，上盖一层拌好的育苗基质或园艺蛭石（粒径0.3cm以下）至穴平为好，然后将播好种的育苗盘搬到育苗棚内，适当位置留出间隔以便操作人员管理时来回走动，冬季应在育苗盘上复盖一层地膜便于保温保湿，晚上盖白天揭开，苗出到60%左右撤除地膜。
育苗基质是采用东北长白山原始森林所生产草炭、灵寿县的蛭石和其他添加剂按一定比例搭配而成。本试验以椰糠为主体基质材料，以番茄和辣椒为供试作物，按无土栽培养分要求配比加入不同比例的进口草炭、国产草炭、珍珠岩、蛭石及发酵物等材料，筛选出既适合于本地条件培育高质量秧苗，又能降低育苗成本，为当地工厂化育苗的发展提供一条有效可行的途径。
国外已经开发了椰子纤维、树皮、锯木屑等有机基质，不但可以大幅度降低栽培成本，而且减少了对环境的污染。我国对基质研究起步较晚，“就地取材、因地制宜研究与发展”已成共识，如长江以南加强对稻壳炭化后的合理使用研究；华北加强炉渣，并配合草炭、蛭石、锯末等材料混合使用的研究；东北加强对草炭、锯末等的研究；大西北则加强对砂培技术的研究等。
